迄今,翼手目的两个亚目都有化石发现。其中: 大翼手亚目(megachiroptera),化石仅零星发现在欧洲渐新世至中新世,起源不清。 小翼手亚目(microchiroptera),化石种类较多。翼手类起源于食虫类,可能在古新世时已能飞行。但由于它的骨骼脆弱,生态特殊,化石保存较少,因此整个翼手目的系统发育历史还不清楚。
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