肉鞭动物亚门(Sarcomastigophora)是原生动物门的一个亚门，包括鞭毛虫纲和肉足虫纲。一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物-动物”性的类群 ，称为古代的植鞭毛虫。经典的分类把原生动物门分为4个纲——鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲和纤毛虫纲。鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为肉鞭动物亚门。
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