在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 “你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… 就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，...