蚌埠市国土资源局现设12个科室：办公室、调控监测科、规划科、法规监察科（信访办）、财务科、耕地保护科、地籍管理科（测绘管理科）、土地利用管理科、矿政地环管理科、行政审批科、政治处、机关党委。6个事业单位：蚌埠市国土资源监察支队、蚌埠市土地储备中心、蚌埠市土地开发复垦整理中心、蚌埠市不动产登记中心（信息中心）、蚌埠市征地管理处、蚌埠市地价管理所。下属6个国土分局和9个国土所：蚌山分局、淮上分局、禹会分局、龙子湖分局、高新技术开发区分局、经济开发区分局、燕山中心所、马城中心所、秦集国土所、李楼国土所、吴小街中心所、梅桥国土所、曹老集国土所、临港国土所、沫河口国土所。