莒南县财政局为正科级行政单位，主要负责全县财政收入和支出等方面的管理工作。1998年4月设立正科级单位预算外资金管理局。1998年会计师事务所与会计科分离，设立会计科。1999年2月设立政府采购中心。1999年3月设立正科级单位农税征收管理局。2008年财政局设办公室、农业科、会计科、人教科、社保科、预算科、行政政法科、教科文科、综合科、统计评价科、税政监督科、经建科、企业科、国库科、信息中心15个科室。莒南县经济开发投资公司、莒南县农业税收征收管理局2个正科级事业单位挂靠财政局。设党组和机关党支部，有党员66人。人员编制68人。