崇州市环境保护局（简称市环保局），为市政府工作部门。内有行政办公室、建设项目管理科（行政审批科）、污染防治科、总量控制科。下属事业单位两个：环境监测站、环境监察执法大队。机关行政编制12人，事业编制：监察大队19人，监测站25人。现有人员150人。其中：公务员12人，干部31人（9名聘用），职工79人，退休人员28人。根据中共崇州市委、崇州市人民政府《关于印发〈崇州市人民政府机构改革方案〉和〈关于崇州市人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（崇委发〔2011〕29号）精神，设立崇州市环境保护局（简称市环保局），为市政府工作部门。