三趾鹑是一个特殊的类群，原属于鹤形目，DNA-DNA杂交结果表示他们和任何现存的其它鸟类都没有较近的亲缘关系，无法和其它鸟类归于一类。三趾鹑的具体地位不很肯定，在查理士·西伯来1988年的著作中三趾鹑类被不很肯定的列为一独立的三趾鹑亚纲(Turnicaves)，在1990年的著作中三趾鹑类则作为三趾鹑小纲(Turnicae)置于新鸟下纲。三趾鹑亚纲或三趾鹑小纲仅包括1目1科，即三趾鹑目(Turnicidae)，三趾鹑科(Turuicidae)，共有16种。
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