花椒锈病主要危害叶片。叶片染病叶背面现黄色、裸露的夏孢子堆，大小0．2—0．4mm，圆形至椭圆形，包被破裂后变为橙黄色，后又褪为浅黄色，在与夏孢子堆对应的叶正面现红褐色斑块，秋后又形成冬孢子堆，圆形，大小0．2—0．7mm，橙黄色至暗黄色，严重时孢子堆扩展至全叶。
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