海胆色素是一种醌类色素。深红色针状结晶。熔点220℃。升华性。易溶于乙醇、丙酮和苯; 难溶于氯仿、水和二硫化碳; 不溶于石油醚。溶于氢氧化钠产生紫红色，与碱金属与碱土金属碳酸盐生成紫色沉淀。化学结构为7-乙基-2，3，5，6，8-五羟基-1，4-萘醌，有互变异构。
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