沙眼衣原体是一种微生物，目前发现它有15个血清型，不同的血清型能引起不同的疾病。分为3个生物型，即小鼠生物型(biovarmouse)、沙眼生物型(biovartrachoma)和性病淋巴肉芽肿生物型。后二者与人类疾病有关。用间接微量免疫荧光试验，沙眼生物型又分A、B、Ba、C、 D、Da、E、F、G、H、I、Ia、J、K14个血清型，LGV生物型又有L1、L2、L2a、L34个血清型。
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