微囊藻（学名：Microcystis）是淡水中常见的一个蓝菌的属，其中包含会造成有害藻华的铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa），其毒素（称为微囊藻毒素，microcystin）会导致肝脏、胆囊病变。微囊藻是最常见的水华蓝藻，广泛分布于富营养湖泊，如滇池、太湖和巢湖等。
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