形态发生运动（morphogenetic movement）是在早期发育中，胚胎细胞的各种协调运动的总称。通过这些运动，胚层建立了一定的空间关系，并为以后器官发生奠定基础。形态发生运动包括原肠形成和器官原基形成。在动物胚胎发育的囊胚期，甚至原肠早期，形成各种器官的物质都还没有到达它们在成体中的部位。通过复杂运动移位，原来位于表面的细胞进入内部，形成有3个胚层的胚胎，外胚层留在外部，内胚层和中胚层移入内部，这一过程称为原肠形成。在以后的发育中，3个胚层的细胞都将继续发生一系列变化，以形成各种器官的原基，称器官原基的形成。