厦门市地方税务局于1994年9月由原厦门市税务局分设成立。市局机关现内设办公室、政策法规处、税政一处、税政二处、规费处、征收管理处、纳税服务处、计划财务处、信息技术处（与信息技术分局合署办公）、人事教育处、机关党委、监察室12个处级机构及1个机关服务中心（事业编制）；下辖直属税务分局、涉外税务分局、稽查局、信息技术分局4个直属机构，火炬高技术产业开发区税务分局、象屿保税区税务分局2个派出机构以及思明、湖里、集美、海沧、同安、翔安6个区地税局。 2018年6月15日，新组建的国家税务总局厦门市税务局正式挂牌，此举标志着原厦门市国家税务局、厦门市地方税务局正式合并。