《包头医学杂志》被中国学术期刊(光盘版)全文收录，被中国核心期刊(遴选)数据库、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊、中国期刊全文数据库全文收录，是中国生物医学文献数据库、中文生物医学期刊文献数据库来源期刊，并已全文入编万方数据-数字化期刊群。2007年在由北方十省市新闻出版局组织的第二届北方期刊奖评选中，荣获优秀期刊奖。
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